8 logiciels de facturation électronique pour auto-entrepreneurs

La facturation électronique va bientôt devenir obligatoire en France. Pour les auto-entrepreneurs, cela signifie qu’il faut s’équiper rapidement d’un outil adapté. Mais face à la multitude d’options, faire le bon choix peut vite devenir compliqué. Les offres sont nombreuses, les tarifs varient, et il n’est pas toujours facile de s’y retrouver.

Pour vous aider à y voir plus clair, on vous présente plusieurs outils populaires, leurs avantages, leurs inconvénients et à qui ils s’adressent. 

Allons-y.

1. Henrri

Henrri, développé par Rivalis, est souvent la porte d’entrée des freelances qui se lancent. Pas de version freemium, tout est ouvert dès l’inscription.

Ce qu’on aime :

• Factures et devis illimités, même après plusieurs années d’activité.
• Interface épurée qui tourne bien sur mobile, pratique pour facturer après une mission sur site.
• Relances automatiques activables en un clic.
• Tableau de bord simplifié : trésorerie, prévision de TVA, graphique des entrées et sorties.

Ce qu’on aime moins :

• Pas de vraie brique CRM ni de gestion de stock. Si votre métier implique des produits physiques, il faudra un outil complémentaire.
• Quelques modules premium (accompagnement, signature électronique avancée) existent, mais l’utilisateur débutant peut s’en passer aisément.

Pour qui ? Les indépendants orientés prestation de service, les créateurs d’activité qui souhaitent réduire leurs frais fixes, ou ceux qui veulent tester un logiciel sans sortir la carte bancaire.

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2. Abby

Abby se présente comme une plateforme de pilotage complète. Son cœur, c’est la facturation, mais elle propose aussi de la compta simplifiée, une estimation des charges et un suivi d’activité visuel.

Abby propose dans sa version gratuite :

• Devis et factures conformes aux normes françaises, paiement en ligne inclus.
• Livre des recettes et des achats généré automatiquement.
• Estimation du chiffre d’affaires et des cotisations Urssaf pour limiter les mauvaises surprises.
• Support par chat pour les premières prises en main.

Prix :

• Start – 6.30 €/mois : Mise en page avancée, logo Abby retiré, gestion des acomptes.
• Pro – 10.50 €/mois : Automatisation des factures récurrentes, relances pré-échéance, statistiques détaillées.
• Business – 23.10 €/mois : Accès multi-utilisateur, intégrations externes, accompagnement comptable renforcé.

Ce qu’on aime :

• Tableau de bord clair : revenus, top clients, services les plus vendus.
• Roadmap produit dynamique : les développeurs publient régulièrement de nouvelles fonctions.
• Appli mobile réactive pour scanner vos notes de frais et les lier à une facture.

Ce qu’on aime moins :

• Passerelle bancaire en cours de déploiement : encore perfectible selon certains retours d’utilisateurs.
• Tarif qui grimpe si l’on veut couvrir plusieurs besoins avancés, mais c’est le revers d’un outil modulable.

Pour qui ? Les micro-entrepreneurs en croissance, ceux qui gèrent un volume régulier de factures et qui souhaitent centraliser compta simplifiée, prévisions et facturation dans un même espace.

3. Portail Auto-Entrepreneur

Le Portail Auto-Entrepreneur s’est fait connaître via son accompagnement administratif. Son module de facturation, facturé 19,90 €/mois sans engagement, se concentre sur la simplicité d’édition.

Il propose :

• Bibliothèque de modèles personnalisables pour démarrer vite.
• Ajout de TVA, acomptes, frais de débours sans calcul manuel.
• Envoi direct par e-mail avec confirmation de lecture.
• Petit plus marketing : création d’une mini-page web présentant votre activité et vos infos de contact.

Ce qu’on aime :  

• Interface pensée pour les non-comptables. Tout est expliqué pas à pas.
• Support client réactif, basé en France.
• Historique des revenus accessible en un coup d’œil pour préparer la déclaration mensuelle ou trimestrielle.

Ce qu’on aime moins :

• Pas de compte bancaire intégré, ni d’export comptable avancé.
• Coût mensuel fixe plus élevé que les premières offres concurrentes si l’on n’utilise que la facturation.

Pour qui ? Les freelances qui veulent un environnement dédié au suivi de leurs factures et apprécient un accompagnement administratif complémentaire, même si le tarif reste au-dessus de la moyenne.

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4. Evoliz

Evoliz est un logiciel de facturation et de gestion financière qui a trouvé sa place auprès des freelances et petites entreprises. Il se distingue par son sérieux, son respect strict de la réglementation française et sa volonté de rendre la comptabilité accessible à tous.

Ce qu’on aime :

• Devis et factures ultra conformes, avec toutes les mentions obligatoires.
• Tableau de bord bien pensé avec une vue en temps réel sur vos finances.
• Relances automatiques activables selon vos préférences.
• Hébergement 100 % français, ce qui garantit la conformité RGPD.
• Application mobile disponible pour suivre son activité n’importe où.

Ce qu’on aime moins :

• L’outil mise plus sur l’efficacité que sur le design. Les possibilités de personnalisation graphique sont donc un peu limitées.
• Evoliz n’intègre pas encore de modules avancés comme un CRM ou un outil de gestion de stock, ce qui peut freiner certains utilisateurs ayant des besoins plus larges.

À qui ça convient ? Les freelances ou auto-entrepreneurs qui cherchent un outil sérieux, fiable, complet côté gestion, sans tomber dans la complexité. Evoliz fait le job, et le fait bien.

5. MicroDesk

MicroDesk a été conçu avec une idée simple : alléger la charge mentale des indépendants. Ici, pas de fioritures. Tout est centré sur l’essentiel avec une interface claire et un parcours utilisateur fluide. Et surtout, il a été pensé par des auto-entrepreneurs, pour des auto-entrepreneurs.

Ce que vous pouvez faire avec MicroDesk :

• Créer des devis et des factures en illimité, très facilement.
• Gérer une base de clients et de produits pour gagner du temps à chaque nouvelle facture.
• Envoyer vos documents directement, suivre les paiements, et relancer automatiquement si nécessaire.
• Connecter votre compte bancaire pro et automatiser une partie de la gestion.
• Déclarer votre chiffre d’affaires à l’Urssaf depuis le logiciel.
• Utiliser la version mobile via l’appli Android, très pratique en déplacement.

Tarif :

MicroDesk est proposé à 18 € TTC/mois, sans engagement. C’est un tarif unique qui donne accès à l’ensemble des fonctionnalités, ce qui évite les surprises.

Pour qui ? Idéal pour les auto-entrepreneurs qui veulent une solution claire, tout-en-un, avec un service client accessible et une vraie logique de gain de temps.

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6. Indy

Indy est d’abord connu comme un outil de comptabilité destiné aux indépendants. Mais depuis quelque temps, le logiciel intègre aussi un module de facturation très pratique. Et le gros avantage, c’est que beaucoup de ces fonctionnalités sont disponibles gratuitement.

Ce que propose Indy en version gratuite :

• Création illimitée de devis et factures, avec personnalisation simple.
• Suivi automatique des paiements. Si votre client règle, Indy le détecte (grâce à la synchronisation bancaire) et le relie à la facture.
• Relances en un clic. Plus besoin de rédiger un mail, Indy s’en charge.
• Respect des futures obligations de la réforme de 2026. Vous êtes tranquilles sur le plan légal.
• Assistance client réactive, disponible en direct via un chat intégré.

Et si on veut aller plus loin ?

Indy propose une offre Premium à 12 €/mois HT qui ajoute plusieurs services : rappels d’échéances administratives, déclaration URSSAF intégrée, télétransmission, etc.

Pour qui ? Pour les indépendants et auto-entrepreneurs qui cherchent une solution à la fois simple et complète, avec un excellent rapport qualité-prix. Le module de facturation suffit largement à beaucoup, et l’ajout de la comptabilité intégrée est un vrai plus.

7. Magniv Pro

Magniv Pro plaît aux freelances qui veulent aller droit au but, sans exploser leur budget. L’équipe a misé sur une interface ultra claire. Chaque action se règle en deux ou trois clics, pas plus.

Ce qu’on aime :

• Gratuité totale jusqu’à 5 000 € de facturation annuelle. Tous les modules restent accessibles, rien n’est bridé.
• Tableaux de bord très visuels. En un coup d’œil, vous voyez les factures émises, celles réglées, celles en retard.
• Automatisations nombreuses : numérotation, intégration de la TVA, calcul des remises, relances planifiées.
• Règlement en ligne via Stripe. Vos clients paient en CB ou Apple Pay, l’argent arrive sur votre compte en quelques jours.
• Interface pensée mobile first. Pratique pour valider un devis sur le quai d’une gare.

Combien ça coûte après le seuil gratuit ?

• Forfait Croissance : 6 € par mois ou 60 € par an, sans engagement.
• Forfait Entreprise : 10 € par mois ou 99.6 € par an, sans engagement.

Pour qui ? Les micro-entrepreneurs qui débutent ou ceux qui souhaitent plafonner leurs frais fixes tant que l’activité ne dépasse pas 5 000 €. Avec l’abonnement Croissance, l’outil reste parmi les moins chers du marché pour les petites structures.

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8. Factomos

Factomos est né à Paris et revendique un support local ainsi qu’un hébergement de données tricolore. La plateforme a été conçue pour que la courbe d’apprentissage soit la plus douce possible.

Ce que propose Factomos :

• Création de devis et de factures en quelques clics. Passage du devis à la facture instantané.
• Relances automatiques paramétrables : Vous choisissez le ton, la fréquence, la date.
• Synchronisation bancaire : Vos écritures se rapprochent automatiquement des factures, la trésorerie reste lisible au jour le jour.
• Coffre-fort numérique : Tous vos reçus, tickets et notes de frais se centralisent dans l’interface pour votre expert-comptable.
• Gestion des acomptes, des récurrences et même des multi-taux de TVA pour les activités mixtes.

Tarif public

• 5 €/mois : 1 utilisateur, 30 factures/an, devis illimités, relances, paiement en ligne.
• 15,30 €/mois : factures et devis illimités, cloud, indicateurs, options payantes.
• 30,80 €/mois : utilisateurs illimités, cloud 2 Go, API, 2 accès bancaires.

Pour qui ? Les indépendants qui veulent réunir facturation, suivi bancaire et archivage comptable au même endroit, tout en privilégiant une société basée en France !

Le plus important reste votre confort. Prenez l’outil qui vous fait gagner une heure par semaine et vous évite les sueurs froides avant la déclaration. Une facture bien faite aujourd’hui, c’est un week-end tranquille demain.

FAQ – Tout ce qu’il faut savoir sur les logiciels de facturation pour auto-entrepreneurs

Pourquoi s’appuyer sur un logiciel de facturation ?

Voici quelques bénéfices :

• Moins d’erreurs : plus besoin de faire des calculs à la main ou de vérifier les mentions obligatoires, tout est automatisé.
• Plus de temps libre : les modèles sont prêts, les infos clients sont enregistrées, et un devis peut devenir une facture en un clic.
• Données en sécurité : vos documents sont stockés sur des serveurs sécurisés, conformes au RGPD.
• Archivage simple : tout est sauvegardé et classé automatiquement, avec une conservation de 10 ans comme l’exige la loi.

Est-ce que les auto-entrepreneurs sont obligés d’utiliser un logiciel de facturation ?

Non, ce n’est pas obligatoire pour l’instant. Mais dès 2026, la facturation électronique sera progressivement imposée pour toutes les entreprises, y compris les micro-entrepreneurs. Autant prendre de l’avance dès maintenant.

Est-ce qu’un logiciel gratuit suffit quand on débute ?

Oui, dans la plupart des cas. Des outils comme Henrri, Indy ou MyAE proposent des versions gratuites très complètes, surtout si votre activité est encore en démarrage. Vous pourrez toujours passer à une formule payante plus tard si besoin.

Quelle est la différence entre un logiciel de facturation et un logiciel de comptabilité ?

Un logiciel de facturation vous permet surtout de créer vos devis, d’envoyer des factures et de suivre les paiements. De son côté, un logiciel de comptabilité va plus loin : il gère tout ce qui touche à vos finances, comme les bilans, les déclarations fiscales ou les charges. Certains outils font les deux, ce qui peut être bien pratique.

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Comment choisir le bon logiciel ?

Posez-vous ces questions :

• Ai-je besoin d’un outil simple ou d’une solution plus complète ?
• Est-ce que je veux gérer mes devis, mes factures et aussi mes déclarations ?
• Est-ce que j’ai un budget mensuel ou je préfère une version gratuite ?

Testez plusieurs options, la plupart proposent une version d’essai sans engagement.

Est-ce que je peux gérer plusieurs activités ou clients avec un seul logiciel ?

Oui. La plupart des outils permettent d’enregistrer plusieurs clients, de créer une base produits/services, et même de dupliquer des documents pour aller plus vite. Certains logiciels gèrent aussi les multi-activités (pratique si vous avez plusieurs casquettes).

Peut-on envoyer les factures directement depuis le logiciel ?

Tout à fait. Vous pouvez souvent envoyer vos factures par e-mail directement depuis l’interface. Certains outils vous indiquent même si la facture a été ouverte ou non par le client.

Puis-je utiliser mon logiciel sur mobile ?

Oui. De plus en plus d’outils proposent une application mobile ou une version web responsive. C’est idéal pour créer une facture en déplacement ou suivre ses encaissements en temps réel.

Que se passe-t-il si je dépasse les limites de la version gratuite ?

Dans la plupart des cas, vous pouvez basculer vers une offre payante pour débloquer plus de fonctionnalités (factures récurrentes, logo retiré, relances automatiques, etc.). Les tarifs sont souvent abordables, entre 6 et 15 € par mois selon les logiciels.